穆皇帝讳聃，字彭子，康帝子也。建元二年九月丙申，立为皇太子。戊戌，康帝崩。己亥，太子即皇帝位，时年二岁。大赦，尊皇后为皇太后。壬寅，皇太后临朝摄政。冬十月乙丑，葬康皇帝于崇平陵。十一月庚辰，车骑将军庾冰卒。
穆皇帝名司马聃，字彭子，是康帝的儿子。建元二年九月丙申，立为皇太子。戊戌日，康帝去世。己亥日，太子即皇帝位，当时年仅两岁。大赦天下，尊皇后为皇太后。壬寅日，皇太后上朝摄政。冬十月乙丑，把康皇帝安葬在崇平陵。十一月庚辰，车骑将军庾冰去世。

永和元年春正月甲戌朔，皇太后设白纱帷于太极殿，抱帝临轩。改元。甲申，进镇军将军、武陵王晞为镇军大将军、开府仪同三司，以镇军将军顾众为尚书右仆射。夏四月壬戌，诏会稽王昱录尚书六条事。五月戊寅，大雩。尚书令、金紫光禄大夫、建安伯诸葛恢卒。六月癸亥，地震。秋七月庚午，持节、都尉江荆司梁雍益宁七州诸军事、江州刺史、征西将军、都亭侯庾翼卒。翼部将于瓚、戴羲等杀冠军将军曹据，举兵反，安西司马硃焘讨平之。八月，豫州刺史路永叛奔于石季龙。庚辰，以辅国将军、徐州刺史桓温为安西将军、持节、都督荆司雍益梁宁六州诸军事，领护南蛮校尉、荆州刺史。石季龙将路永屯于寿春。九月丙申，皇太后诏曰：“今百姓劳弊，其共思详所以振恤之宜。及岁常调非军国要急者，并宜停之。”冬十二月，李势将爨頠来奔。凉州牧张骏伐焉耆，降之。
永和元年春正月甲戌初一，皇太后在太极殿设置白纱帷幕，抱着穆帝坐到殿前。改年号。甲申日，进升镇军将军、武陵王司马晞为镇军大将军、开府仪同三司，任命领军将军顾众为尚书右仆射。夏四月壬戌，诏令会稽王司马昱录尚书六条事。五月戊寅，举行大雩之祭。尚书令、金紫光禄大夫、建安伯诸葛恢死。六月癸亥，发生地震。秋七月庚午，持节、都尉江、荆、司、梁、雍、益、宁七州诸军事、江州刺史、征西将军、都亭侯庾翼死。庚翼的部将于瓒、戴羲等杀冠军将军曹据，举兵反叛，安西司马朱焘讨伐伐并平定了他们。八月，豫州刺史路永反叛并投奔了石季龙。庚辰日，任命辅国将军、徐州刺史桓温为安西将军、持节、都督荆、司、雍、益、梁、宁六州诸军事，兼领护南蛮校尉、荆州刺史。石季龙的将领路永屯于寿春。九月丙申，皇太后诏曰：“如今百姓劳苦，请一起仔细考虑振济抚恤的事宜办法。至于赋税劳役凡不是军队国政所急需的，都应该停止。”冬十二月，李势将爨頠来投奔。凉州牧张骏攻打焉耆，降服了他们。

二年春正月丙寅，大赦。己卯，使持节、侍中、都督扬州诸军事、扬州刺史、骠骑将军、录尚书事、都乡侯何充卒。二月癸丑，以左光禄大夫葵谟领司徒，录尚书六条事、抚军大将军、会稽王昱及谟并辅政。三月丙子，以前司徒左长史殷浩为建武将军、扬州刺史。夏四月己酉朔，日有蚀之。五月丙戌，凉州牧张骏卒，子重华嗣。六月。石季龙将王擢袭武街，执张重华护军胡宣。又使麻秋、孙伏都伐金城，太守张冲降之。重华将谢艾击秋，败之。秋七月，以兗州刺史褚裒为征北大将军，开府仪同三司。冬十月，地震。十一月辛未，安西将军桓温帅征虏将军周抚，辅国将军、谯王无忌，建武将军袁乔伐蜀，拜表辄行。十二月，枉矢自东南流于西北，其长竟天。
二年春正月丙寅，大赦天下。己卯日，使持节、侍中、都督扬州诸军事、扬州刺史、骠骑将军、录尚书事、都乡侯何充死。二月癸丑，任命左光禄大夫葵兼领司徒，录尚书六条事、抚军大将军、会稽王昱和蔡谟一起辅佐国政。三月丙子，任命前司徒左长史殷浩为建武将军、扬州刺史。夏四月己酉初一，出现日食。五月丙戌，凉州牧张骏死，他的儿子张重华继承职位。六月。石季龙将的将领王擢袭击武街，俘获张重华的护军胡宣。石季龙又派麻秋、孙伏都攻打金城，太守张冲投降。张重华的将领谢艾攻打麻秋，打败了麻秋。秋七月，任命兖州刺史褚裒为征北大将军，开府仪同三司。冬十月，发生地震。十一月辛未，安西将军桓温率领征虏将军周抚，辅国将军、谯王司马无忌，建武将军袁乔攻打蜀国，上了奏章马上就出发。十二月，枉矢星从东南流向西北，行径整个天空。

三年春正月乙卯，桓温攻成都，克之。丁亥，李势降，益州平。林邑范文攻陷日南，害太守夏侯览，以尸祭天。夏四月，地震。蜀人邓定、隗文举兵反，桓温又击破之，使益州刺史周抚镇彭模。丁巳，邓定、隗文复入据成都，征虏将军杨谦弃涪城，退保德阳。五月戊申，进慕容皝为安北将军。石季龙又使其将石宁、麻秋等伐凉州，次于曲柳。张重华使将军牛旋御之，退守枹罕。六月辛酉，大赦。秋七月，范文复陷日南，害督护刘雄。隗文立范贲为帝。八月戊午，张重华将谢艾进击麻秋，大败之。九月，地震。冬十月乙丑，假凉州刺史张重华大都督陇右关中诸军事、护羌校尉、大将军，武都氐王杨初为征南将军、雍州刺史、平羌校尉、仇池公，并假节。十二月，振威护军萧敬文害征虏将军杨谦，攻涪城，陷之。遂取巴西，通于汉中。
三年春正月乙卯，桓温攻打成都，克之。丁亥日，李势投降，益州平定。林邑范文攻陷日南，害太守夏侯览，用尸体祭天。夏四月，地震。蜀人邓定、隗文率领军队反叛，桓温又击败他们，并派益州刺史周抚镇彭模。丁巳，邓定、隗文两次入据成都，征虏将军杨谦放弃涪城，退保德阳。五月戊申，进升慕容皝为安北将军。石季龙又派他的将领石宁、麻秋等人攻打凉州，驻在曲柳。张重华派将军牛旋抵御他们，退守枹罕。六月辛酉，大赦天下。秋七月，范文再次攻陷日南，杀害守将刘雄。隗文立范贲为皇帝。八月戊午，张重华的将领谢艾进击麻秋，大败他们。九月，地震。冬十月乙丑，暂任凉州刺史张重华为大都督陇右关中诸军事、护羌校尉、大将军，武都氐王杨初为征南将军、雍州刺史、平羌校尉、仇池公，全都授假节。十二月，振威护军萧敬文杀害征虏将军杨谦，攻打涪城，攻下。随之夺取巴西，与汉中相通。

四年夏四月，范文寇九德，多所杀害。五月，大水。秋八月，进安西将军桓温为征西大将军、开府仪同三司，封临贺郡公；西中郎将谢尚为安西将军。九月丙申，慕容皝死，子隽嗣伪位。冬十月己未，地震。石季龙使其将苻健寇竟陵。十二月，豫章人黄韬自号孝神皇帝，聚众数千，寇临川，太守庾条讨平之。
四年夏四月，范文侵犯九德，杀害了很多人。五月，发大水。秋八月，进安西将军桓温为征西大将军、开府仪同三司，封临贺郡公；西中郎将谢尚为安西将军。九月丙申，慕容皝死，他的儿子幕容隽继承伪位。冬十月己未，地震。石季龙派他的将领苻健攻打竟陵。十二月，豫章人黄韬从称孝神皇帝，聚集了数千人，攻打临川，太守庾条征讨伐，并消灭了他们。

五年春正月辛巳朔，大赦。庚寅，地震。石季龙僭即皇帝位于鄴。二月，征北大将军褚裒使部将王龛北伐，获石季龙将支重。夏四月，益州刺史周抚、龙骧将军硃焘击范贲，获之，益州平。封周抚为建城公。假慕容隽大将军、幽平二州牧、大单于、燕王。征西大将军桓温遣督军滕畯讨范文，为文所败。石季龙死，子世嗣伪位。五月，石遵废世而自立。六月，桓温屯安陆，遣诸将讨河北。石遵扬州刺史王浃以寿阳来降。秋七月，褚裒进次彭城，遣部将王龛、李迈及石遵将李农战于代陂，王师败绩，王龛为农所执，李迈死之。八月，褚裒退屯广陵，西中郎将陈逵焚寿春而遁。梁州刺史司马勋功石遵长城戍，仇池公杨初袭西城，皆破之。冬十月，石遵将石遇攻宛，陷之，执南阳太守郭启。司马勋进次悬钩，石季龙故将麻秋距之，勋退还梁州。十一月丙辰，石鉴弑石遵而自立。十二月己酉，使持节、都督徐兗二州诸军事、徐州刺史、征北大将军、开府仪同三司、都乡侯褚裒卒。以建武将军、吴国内史荀羡为使持节、监徐兗二州诸军事、北中郎将、徐州刺史。
五年春正月辛巳初一，大赦天下。庚寅日，地震。石季龙在邺城即皇帝位。二月，征北大将军褚裒让部将王龛北伐，俘获石季龙的将领导支重。夏四月，益州刺史周抚、龙骧将军朱焘攻打范贲，并把他抓了起来，益州平定。封周抚为建城公。暂任慕容隽大将军、幽平二州牧、大单于、燕王。征西大将军桓温派督军滕畯讨伐划范文，被范文打败。石季龙死，他的儿子继承伪位。五月，石遵废了石世，从立为皇帝。六月，桓温屯安陆，派各将讨伐伐河北。石遵的扬州刺史王浃率领寿阳人马来投降。秋七月，褚裒进驻彭城，派派部将王龛、李迈和石遵的将领李农交战，官军被打得大败，王龛被李农俘获，李迈战死。八月，褚裒退驻广陵，西中郎将陈逵焚烧寿春城后逃跑。梁州刺史司马勋在长城戍攻打石遵，仇池公杨初袭出西城，都打败了敌人。冬十月，石遵将石遇打攻宛，攻克，俘获了南阳太守郭启。司马勋进驻悬钩，石季龙故将麻秋抵抗他，司马勋退回梁州。十一月丙辰，石鉴弑石遵，从立为帝。十二月己酉，使持节、都督徐兖二州诸军事、徐州刺史、征北大将军、开府仪同三司、都乡侯褚裒去世。任命建武将军、吴国内史荀羡为使持节、监徐、兖二州诸军事、北中郎将、徐州刺史。

六年春正月，帝临朝，以褚裒丧故，悬而不乐。闰月，冉闵弑石鉴，僭称天王，国号魏。鉴弟祗僭帝号于襄国。丁丑，彗星见于亢。己丑，加中军将军殷浩督扬豫徐兗青五州诸军事、假节。氐帅苻洪遣使来降，以为氐王，封广川郡公。假洪子健节，监河北诸军事、右将军，封襄国县公。三月，石季龙故将麻秋鸩杀苻洪于枋头。夏五月，大水。庐江太守袁真攻合肥，克之。六月，石祗遣其弟琨攻冉闵将王泰于邯郸，琨师败绩。秋八月，辅国将军、谯王无忌薨。苻健帅众入关。冬十一月，冉闵围襄国。十二月，免司徒蔡谟为庶人。是岁，大疫。
六年春正月，穆帝上朝，因为褚裒丧葬的缘故，乐器悬挂起来不秦乐。闰月，冉闵杀石鉴，自称天王，国号为魏。石鉴的弟弟石祗也在襄国称帝。丁丑日，彗星出现在亢宿。己丑日，加任中军将军殷浩督扬豫徐兖青五州诸军事、假节。氐率领苻洪派使者来投降，任苻蔡共为氐王，封广川郡公。暂援苻洪的儿子苻健苻节，监河北诸军事、右将军，封襄国县公。三月，石季龙的老将麻秋在枋头杀死苻洪。夏五月，发大水。庐江太守袁真攻打合肥，克之。六月，石祗派其弟石琨在邯郸攻打冉闵的将领王泰，石琨的军队被打得大败。秋八月，辅国将军、谯王司马无忌去世。苻健率领军队入关。冬十一月，冉闵围攻襄国。十二月，把司徒蔡谟贬为庶人。这一年，有大瘟疫。

七年春正月丁酉，日有蚀之。辛丑，鲜卑段龛以青州来降。苻健僭称王，国号秦。二月戊寅，以段龛为镇北将军，封齐公。石祗大败冉闵于襄国。夏四月，梁州刺史司马勋出步骑三万，自汉中入秦川，与苻健战于五丈原，王师败绩。加尚书令顾和开府仪同三司。刘显杀石祗。五月，祗兗州刺史刘启自鄄城来奔。秋七月，尚书令、左光禄大夫、开府仪同三司顾和卒。甲辰，涛水入石头，溺死者数百人。八月，冉闵豫州牧张遇以许昌来降，拜镇西将军。九月，峻阳、太阳二陵崩。甲辰，帝素服临于太极殿三日，遣兼太常赵拔修复山陵。冬十月，雷雨，震电。十一月，石祗将姚弋仲、冉闵将魏脱各遣使来降，以弋仲为车骑将军、大单于，封高陵郡公；弋仲子襄为平北将军、都督并州诸军事、并州刺史、平乡县公；脱为安北将军、监冀州诸军事、冀州刺史。十二月辛未，征西大将军桓温帅众北伐，次于武昌而止。时石季龙故将周成屯廪丘，高昌屯野王，乐立屯许昌，李历屯卫国，皆相次来降。
七年春正月丁酉初一，日食。辛丑日，鲜卑段龛献上青州来投降。苻健僣称王，国号为秦。二月戊寅，任命段龛为镇北将军，封齐公。石祗在襄国把败冉打得大败。夏四月，梁州刺史司马勋出步骑三万，从汉中入秦川，在五丈原和符健交战，官军大败。加任尚书令顾和为开府仪同三司。刘显杀石祗。五月，石祗的兖州刺史刘启从鄄城来投奔。秋七月，尚书令、左光禄大夫、开府仪同三司顾和去世。甲辰日，洪水冲入石头城，溺死数百人。八月，冉闵的豫州牧张遇率领许昌人马来投降，授张遇镇西将军。九月，峻阳、太阳两陵崩塌。甲辰日开始，皇帝穿着素服上太极殿三天，派兼太常赵拔修复山陵。冬十月，雷有雨，电闪雷鸣。十一月，石祗的将领姚弋仲、冉闵的将领魏脱各派人来表示投降，任命弋仲为车骑将军、大单于，封高陵郡公；姚弋仲儿子姚襄为平北将军、都督并州诸军事、并州刺史、平乡县公；魏脱为安北将军、监冀州诸军事、冀州刺史。十二月辛未日，征西大将军桓温率领军队北伐，到武昌后停下。当时石季龙老部下周成屯驻在廪丘，高昌屯驻在野王，乐立屯驻在许昌，李历屯驻在卫国，全都先后来投降。

八年春正月辛卯，日有蚀之。刘显僭帝号于襄国，冉闵击破，杀之。苻健僭帝号于长安。二月，峻平、崇阳二陵崩。戊辰，帝临三日，遣殿中都尉王惠如洛阳，以卫五陵。镇西将军张遇反于许昌，使其党上官恩据洛阳。乐弘攻督护戴施于仓垣。三月，使北中郎荀羡镇淮阴。苻健别帅侵顺阳，太守薛珍击破之。夏四月，冉闵为慕容隽所灭。隽僭帝号于中山，称燕。安西将军谢尚帅姚襄与张遇战于许昌之诫桥，王师败绩。苻健使其弟雄袭遇，虏之。秋七月，大雩。石季龙故将王擢遣使请降，拜征西将军、秦州刺史。丁酉，以镇军大将军、武陵王晞为太宰，抚军大将军、会稽王昱为司徒，征西大将军桓温为太尉。八月，平西将军周抚讨萧敬文于涪城，斩之。冉闵子智以鄴降，督护戴施获其传国玺，送之，文曰“受天之命，皇帝寿昌”，百僚毕贺。九月，冉智为其将马愿所执，降于慕容恪。中军将军殷浩帅众北伐，次泗口，遣河南太守戴施据石门，荥阳太守刘遂戍仓垣。冬十月，秦州刺史王擢为苻健所逼，奔于凉州。
八年春正月辛卯，日食。刘显在襄国僣帝号，冉闵打败刘显，杀了他。苻健在长安称帝号。二月，峻平、崇阳两陵崩。戊辰日开始，穆帝上朝三天，派殿中都尉王惠到洛阳，任命卫五陵。镇西将军张遇在许昌反叛，派他的同党上官恩据守洛阳。乐弘在仓垣攻打督护戴施。三月，派北中郎将荀羡镇守淮阴。苻健的别率领入侵顺阳，太守薛珍打败了他们。夏四月，冉闵被慕容隽所灭。幕容隽在中山僣称帝号，国号燕。安西将军谢尚率领姚襄与张遇战于许昌的诫桥，官军大败。苻健派他的弟弟苻雄花卉攻击张遇，俘虏了他。秋七月，祭天求雨。石季龙的故将王擢派使者来请求投降，任王擢为征西将军、秦州刺史。丁酉日，任命镇军大将军、武陵王司马晞为太宰，任命抚军大将军、会稽王司马昱为司徒，征西大将军桓温为太尉。八月，平西将军周抚讨伐萧敬文于涪城，杀了他。冉闵的儿子冉智率领邺城人马投降，督护戴施得到了他的传国玉玺，呈送皇上，玺文是“受天之命，皇帝寿昌”，百官都来庆贺。九月，冉智被的将领马愿逮捕，向慕容恪投降。中军将军殷浩率领军队北伐，驻在泗口，派河南太守戴施占据石门，荥阳太守刘遂戍仓垣。冬十月，秦州刺史王擢为苻健所逼迫，逃到凉州。

九年春正月乙卯朔，大赦。张重华使王擢与苻健将苻雄战，擢师败绩。丙寅，皇太后与帝同拜建平陵。三月，旱。交州刺史阮敷讨林邑范佛于日南，破其五十余垒。夏四月，以安西将军谢尚为尚书仆射。五月，大疫。张重华复使王擢袭秦州，取之。仇池公杨初为苻雄所败。秋七月丁酉，地震，有声如雷。八月，遣兼太尉、河间王钦修复五陵。冬十月，中军将军殷浩进次山桑，使平北将军姚襄为前锋，襄叛，反击浩，浩弃辎重，退保谯城。丁未，凉州牧张重华卒，子耀灵嗣。是月，张祚弑耀灵而自称凉州牧。十一月，殷浩使部将刘启、王彬之讨姚襄，复为襄所败，襄遂进据芍陂。十二月，加尚书仆射谢尚为都督豫、扬、江西诸军事，领豫州刺史，镇历阳。
九年春正月乙卯初一，大赦天下。张重华派王擢与苻健将领苻雄交战，王擢的军队大败。丙寅日，皇太后与皇帝共同拜祭建平陵。三月，天旱。交州刺史阮敷讨伐林邑范佛于日南，攻破敌人五十多个营垒。夏四月，任命安西将军谢尚为尚书仆射。五月，瘟疫大流行。张重华两次派王擢攻击秦州，攻克。仇池公杨初被苻雄打败。秋七月丁酉，地震，发出雷鸣般的声音。八月，派兼太尉、河间王钦修复五陵。冬十月，中军将军殷浩进驻山桑，派平北将军姚襄为前锋，姚襄反叛，反过来攻打殷浩，殷浩丢弃辎重，退保谯城。丁未日，凉州牧张重华去世，他的儿子张耀灵继任。当月，张祚弑耀灵自称凉州牧。十一月，殷浩使部将刘启、王彬之讨伐姚襄，又被姚襄打败，姚襄进据芍陂。十二月，加援尚书仆射谢尚为都督豫、扬、江西诸军事，兼领豫州刺史，镇守历阳。

十年春正月己酉朔，帝临朝，以五陵未复，悬而不乐。凉州牧张祚僭帝位。冉闵降将周成举兵反，自宛陵袭洛阳。辛酉，河南太守戴施奔鲔渚。丁卯，地震，有声如雷。二月己丑，太尉、征西将军桓温帅师伐关中。废扬州刺史殷浩为庶人，以前会稽内史王述为扬州刺史。夏四月己亥，温及苻健子苌战于蓝田，大败之。五月，江西乞活郭敞等执陈留内史刘仕而叛，京师震骇，以吏部尚书周闵为中军将军，屯于中堂，豫州刺史谢尚自历阳还卫京师。六月，苻健将苻雄悉众及桓温战于白鹿原，王师败绩。秋九月辛酉，桓温粮尽，引还。
十年春正月己酉初一，皇帝上朝，由于五陵未修复，乐器悬而不奏。凉州牧张祚僣帝位。冉闵降将周成举兵反，从宛陵袭洛阳。辛酉日，河南太守戴施奔鲔渚。丁卯日，地震，有声如雷。二月己丑，太尉、征西将军桓温率领师伐关中。废扬州刺史殷浩为庶人，任命前会稽内史王述为扬州刺史。夏四月己亥，温及苻健子苌战于蓝田，大败之。五月，江西乞活郭敞等执陈留内史刘仕而叛，京师震骇，任命吏部尚书周闵为中军将军，屯于中堂，豫州刺史谢尚从历阳还卫京师。六月，苻健将苻雄悉众及桓温战于白鹿原，官军大败。秋九月辛酉，桓温粮尽，引还。

十一年春正月甲辰，侍中、汝南王统薨。平羌校尉、仇池公杨初为其部将梁式所害，初子国嗣位，因拜镇北将军、秦州刺史。齐公段龛袭慕容隽将荣国于郎山，败之。夏四月壬申，陨霜。乙酉，地震。姚襄帅众寇外黄，冠军将军高季大破之。五月丁未，地又震。六月，苻健死，其子生嗣伪位。秋七月，宋混、张瓘弑张祚，而立耀灵弟玄靓为大将军、凉州牧，遣使来降。以吏部尚书周闵为尚书左仆射，领军将军王彪之为尚书右仆射。冬十月，进豫州刺史谢尚督并冀幽三州诸军事、镇西将军，镇马头。十二月，慕容恪帅众寇广固。壬戌，上党人冯鸯自称太守，背苻生遣使来降。
十一年春正月甲辰，侍中、汝南王司马统去世。平羌校尉、仇池公杨初为其部将梁式杀害，杨初的儿子杨国继承爵位，于是扬国为镇北将军、秦州刺史。齐公段龛在郎山袭击慕容隽的将领荣国，打败了荣国。夏四月壬申，降霜。乙酉，地震。姚襄率领军队侵犯外黄，冠军将军高季大败他们。五月丁未日，又地震。六月，苻健死，他的儿子苻生继伪位。秋七月，宋混、张瓘杀张祚，而立张耀灵的弟张玄靓为大将军、凉州牧，派使来投降。任命吏部尚书周闵为尚书左仆射，领军将军王彪之为尚书右仆射。冬十月，进升豫州刺史谢尚督并冀幽三州诸军事、镇西将军，镇守马头。十二月，慕容恪率领军队入侵广固。壬戌日，上党人冯鸯自称太守，背叛苻生派人来投降。

十二年春正月丁卯，帝临朝，以皇太后母丧，悬而不乐。镇北将军段龛及慕容恪战于广固，大败之，恪退据安平。二月辛丑，帝讲《孝经》。三月，姚襄入于许昌，以太尉桓温为征讨大都督以讨之。秋八月己亥，桓温及姚襄战于伊水，大败之，襄走平阳，徙其余众三千余家于江汉之间，执周成而归。使扬武将军毛穆之，督护陈午，辅国将军、河南太守戴施镇洛阳。冬十月癸巳朔，日有蚀之。慕容恪攻段龛于广固，使北中郎将荀羡帅师次于琅邪以救之。十一月，遣兼司空、散骑常侍车灌，龙骧将军袁真等持节如洛阳，修五陵。十二月庚戌，以有事于五陵，告于太庙，帝及群臣皆服缌，于太极殿临三日。是岁，仇池公杨国为其从父俊所杀，俊自立。
十二年春正月丁卯，皇帝上朝，因为皇太后母死，悬挂乐器而不奏乐。镇北将军段龛在广固和慕容恪交战，大败幕容恪，幕容恪退守安平。二月辛丑日，皇帝讲《孝经》。三月，姚襄进入许昌，朝廷任命太尉桓温为征讨大都督讨伐姚襄。秋八月己亥，桓温在伊水和姚襄交战，大败姚襄，姚襄逃到平阳，把残余的三千多家眷徙到江汉之间，抓获周成而回。派扬武将军毛穆之，督护陈午，辅国将军、河南太守戴施镇守洛阳。冬十月癸巳初一，日食。慕容恪攻打段龛于广固，朝廷派北中郎将荀羡率领军队驻在琅邪救援段龛。十一月，派兼司空、散骑常侍车灌，龙骧将军袁真等人持节到洛阳，修复五陵。十二月庚戌，因为要修五陵，到太庙祭告祖先，皇帝和大臣们都穿丝麻丧服，于太极殿临朝三日。这一年，仇池公杨国被他的叔父杨俊杀死，杨俊自立为仇沲公。

升平元年春正月壬戌朔，帝加元服，告天太庙，始亲万机。大赦，改元，增文武位一等。皇太后居崇德宫。丁丑，陨石于槐里一。是月，镇北将军、齐公段龛为慕容恪所陷，遇害。扶南竺旃檀献驯象，诏曰：“昔先帝以殊方异兽或为人患，禁之。今及其未至，可令还本土。”三月，帝讲《孝经》。壬申，亲释奠于中堂。夏五月庚午，镇西将军谢尚卒。苻生将苻眉、苻坚击姚襄，战于三原，斩之。六月，苻坚杀苻生而自立。以军司谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。秋七月，苻坚将张平以并州降，遂以为并州刺史。八月丁未，立皇后何氏，大赦，赐孝悌鳏寡米，人五斛，逋租宿债皆勿收，大酺三日。冬十月，皇后见于太庙。十一月，雷。十二月，以太常王彪之为尚书左仆射。
升平元年春正月壬戌初一，皇帝加元服，在太庙祭告祖先，开始亲自处理国家大事。大赦，改年号，文武官员爵位都晋升一等。皇太后居住在崇德宫。丁丑日，有一块陨石落在槐里。当月，镇北将军、齐公段龛被慕容恪攻陷，遇害。扶南竺旃檀进献驯象，皇帝下诏说：“从前先帝因为异国的怪兽有的成为人患，禁止过。现在趁着还没有来到，可以让它们回到原来的地方去。”三月，皇帝讲《孝经》。壬申日，亲自在中堂祭奠孔子。夏五月庚午，镇西将军谢尚去世。苻生的将领苻眉、苻坚打姚襄，在三原交战，杀了姚襄。六月，苻坚杀苻生自立为王。朝廷任命军司谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。秋七月，苻坚军援将领张平率领并州人马投降，便任命张平为并州刺史。八月丁未日，立皇后何氏，大赦，赐赏孝悌鳏寡的人大米，每人五斛，欠租和欠债的都免除，大宴三日。冬十月，皇后进于太庙。十一月，有雷。十二月，任命太常王彪之为尚书左仆射。

二年春正月，司徒、会稽王昱稽首归政，帝不许。三月，慕容隽陷冀州诸郡，诏安西将军谢奕、北中郎将荀羡北伐。三月，佽飞督王饶献鸩鸟，帝怒，鞭之二百，使殿中御史焚其鸟于四达之衢。夏五月，大水。有星孛于天船。六月，并州刺史张平为苻坚所逼，帅众三千奔于平阳，坚追败之。慕容恪进据上党，冠军将军冯鸯以众叛归慕容隽，隽尽陷河北之地。秋八月，安西将军谢奕卒。壬申，以吴兴太守谢万为西中郎将、持节、监司豫冀并四州诸军事、豫州刺史。以散骑常侍郗昙为北中郎将、持节、都督徐兗青冀幽五州诸军事、徐兗二州刺史，镇下邳。冬十月乙丑，陈留王曹劢薨。十一月庚子，雷。辛酉，地震。十二月，北中郎将荀羡及慕容隽战于山荏，王师败绩。
二年春正月，司徒、会稽王司马昱稽赔罪还政，皇帝不允许。三月，慕容隽攻陷冀州各郡，皇帝诏令安西将军谢奕、北中郎将荀羡北伐。三月，佽飞督王饶进献鸩鸟，皇帝很生气，罚打二百鞭，派殿中御史在八通八达的路口焚烧鸩鸟。夏五月，发大水。有慧星进入天船星区。六月，并州刺史张平被苻坚所逼，率领三千人马逃往于平阳，苻坚追上并打败了他。慕容恪进据上党，冠军将军冯鸯率领军事反叛，归附了慕容隽，慕容隽全部攻占了河北的地方。秋八月，安西将军谢奕去世。壬申日，任命吴兴太守谢万为西中郎将、持节、监司豫冀并四州诸军事、豫州刺史。任命散骑常侍郗昙为北中郎将、持节、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史，镇守下邳。冬十月乙丑日，陈留王曹劢去世。十一月庚子，打雷。辛酉日，地震。十二月，北中郎将荀羡和慕容隽在山荏交战，荀羡大败。

三年春三月甲辰，诏以比年出军，粮运不继，王公已下十三户借一人一年助运。秋七月，平北将军高昌为慕容隽所逼，自白马奔于荥阳。冬十月慕容隽寇东阿，遣西中郎将谢万次下蔡，北中郎将郗昙次高平以击之，王师败绩。十一月戊子，进扬州刺史王述为卫将军。十二月，又以中军将军、琅邪王丕为骠骑将军，东海王奕为车骑将军。封武陵王晞子逢为梁王。交州刺史温放之帅兵讨林邑参黎、耽潦，并降之。
三年春三月甲辰，下诏书，因为连年打仗，粮草运输跟不上，自王公以下每十三户借调一个人帮助运输一年。秋七月，平北将军高昌被慕容隽攻逼，从白马逃往荥阳。冬十月慕容隽侵犯东阿，朝廷派西中郎将谢万驻在下蔡，北中郎将郗昙驻在高平，攻打慕容隽，官军大败。十一月戊子日，进升杨州刺史王述为卫将军。十二月，又任命中军将军、琅邪王丕为骠骑将军，东海王奕为车骑将军。封武陵王晞子<王逢>为梁王。交州刺史温放之率领军队讨伐林邑参黎、耽潦，全都降服了他们。

四年春正月，仇池公杨俊卒，子世嗣。丙戌，慕容隽死，子嗣伪位。二月，凤皇将九雏见于丰城。秋七月，以军役繁兴，省用撤膳。八月辛丑朔，日有蚀之，既。冬十月，天狗流于西南。十一月，封太尉桓温为南郡公，温弟冲为丰城县公，子济为临贺郡公。凤皇复见丰城，众鸟随之。
四年春正月，仇池公杨俊去世，儿子杨世继承爵位。丙戌日，慕容隽死，儿子幕容暐继伪位。二月，凤皇带九个小凤凰出现在丰城。秋七月，因为频繁打仗和徭役，省减宫廷膳食。八月辛丑初一，日食，是全食。冬十月，天狗星落于西南。十一月，封太尉桓温为南郡公，弟弟桓冲为丰城县公，儿子桓济为临贺郡公。凤凰又出现在丰城，有众多的鸟跟随。

五年春正月戊戌，大赦，赐鳏寡孤独不能自存者，人米五斛。北中郎将、都督徐兗青冀幽五州诸军事、徐兗二州刺史郗昙卒。二月，以镇军将军范汪为都督徐兗青冀幽五州诸军事、安北将军、徐兗二州刺史。平南将军、广州刺史、阳夏侯滕含卒。夏四月，大水。太尉桓温镇宛，使其弟豁将兵取许昌。凤皇见于沔北。
五年春正月戊戌，大赦，赏赐鳏寡孤独没有生活能力的人每人五斛米。北中郎将、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史郗昙去世。二月，任命镇军将军范汪为都督徐兖青冀幽五州诸军事、安北将军、徐兖二州刺史。平南将军、广州刺史、阳夏侯滕含去世。夏四月，发大水。太尉桓温镇守宛城，派他弟弟桓豁率领部队攻取许昌。凤皇出现在沔北。五月丁巳，穆皇帝在显阳殿去世，当时十九岁。安葬在永平陵，庙号孝宗。

五月丁巳，帝崩于显阳殿，时年十九。葬永平陵，庙号孝宗。
哀皇帝名司马丕，字千龄，成帝长子也。咸康八年封为琅邪王。永和元年援散骑常侍，十二年加授中军将军，升平三年除骠骑将军。

哀皇帝讳丕，字千龄，成帝长子也。咸康八年，封为琅邪王。永和元年拜散骑常侍，十二年加中军将军，升平三年除骠骑将军。五年五月丁巳，穆帝崩。皇太后令曰：“帝奄不救疾，胤嗣未建。琅邪王丕，中兴正统，明德懋亲。昔在咸康，属当储贰。以年在幼冲，未堪国难，故显宗高让。今义望情地，莫与为比，其以王奉大统。”于是百官备法驾，迎于琅邪第。庚申，即皇帝位，大赦。壬戌，诏曰：“朕获承明命，入纂大统。顾惟先王宗庙，蒸尝无主，太妃丧庭，廓然靡寄，悲痛感摧，五内抽割。宗国之尊，情礼兼隆，胤嗣之重，义无与二。东海王奕，戚属亲近，宜奉本统，其以奕为琅邪王。”秋七月戊午，葬穆皇帝于永平陵。慕容恪攻陷野王，守将吕护退保荥阳。八月己卯夜，天裂，广数丈，有声如雷。九月戊申，立皇后王氏。穆帝皇后何氏称永安宫。吕护叛奔于莫容。冬十月，安北将军范汪有罪废为庶人。十一月丙辰，诏曰：“显宗成皇帝顾命，以时事多艰，弘高世之风，树德博重，以隆社稷。而国故不巳，康穆早世，胤祚不融。朕以寡德，复承先绪，感惟永慕，悲育兼摧。夫昭穆之义，固宜本之天属。继体承基，古今常道。宜上嗣显宗，以修本统。”十二月，加凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。
升平五年五月丁巳，穆帝去世。皇太后下令说：“穆帝突然患病不能治，继承人没有立，琅邪王司马丕，是中兴王室的正统，德性完美的宗亲。从前在咸康时应当作太子。因为年岁幼小，不足以承担国难，所以显宗成帝让位给康帝。现在亲情名望地位，没有能比得上他的，让琅邪王继承皇统。”于是百官准备好马车，到琅邪王的府第去迎接。庚申日，琅邪王即皇帝位，大赦天下。壬戌日，下诏说：“朕得以承受圣明之命，入朝接受皇位。想到先王宗庙，祭祀没有主人，太妃哭丧的宫庭，空旷没有可以安身之处，心中十分悲痛，五脏就像抽割一样痛楚。宗国所尊崇的，情和礼受到同样重视，子孙继嗣的重要，情与义没有不同。东海王司马奕，是亲近的戚属，应当敬承本族统绪，应以司马奕为琅邪王。”秋七月戊午，把穆皇帝安葬在永平陵。慕容恪攻陷野王，守将吕护退保荥阳。八月己卯日晚上，天空有裂缝，宽数丈，有雷一般的声音。九月戊申，立皇后王氏。穆帝皇后何氏称永安宫。吕护反叛，投奔了莫容暐。冬十月，安北将军范汪犯了罪，被废为庶人。十一月丙辰，下诏说：“显宗成皇帝顾命临终时留下遗命，因为时事多难，弘扬高世的风教，树立德义博得威重，用以振兴社稷。但是国难不断，康帝穆帝过早地离开人世，继续的国运不盛。朕以寡薄的德行，又继承先王的事业，心中有长久的思慕，悲痛摧折人心。昭穆两个皇帝的大义，原本应遵从上天。继承国家大业，是古今的常道。理应上继显宗，用以绵延本族统绪。”十二月，加凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。

隆和元年春正月壬子，大赦，改元。甲寅，减田税，亩收二升。是月，慕容将吕护、傅末波攻陷小垒，以逼洛阳。二月辛未，以辅国将军、吴国内史庾希为北中郎将、徐兗二州刺史，镇下邳；前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇汝南，并假节。丙子，尊所生周氏为皇太妃。三月甲寅朔，日有蚀之。夏四月，旱。诏出轻系，振困乏。丁丑，梁州地震，浩衅山崩。吕护复寇洛阳。乙酉，辅国将军、河南太守戴施奔于宛。五月丁巳，遣北中郎将庾希、竟陵太守邓遐以舟师救洛阳。秋七月，吕护等退守小平津。进琅邪王奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐进屯新城，庾希部将何谦及慕容将刘则战于檀丘，破之。八月，西中郎将袁真进次汝南，运米五万斛以馈洛阳。冬十月，赐贫乏者米，人五斛。章武王珍薨。十二月戊午朔，日有蚀之。诏曰：“戎旅路次，未得轻简赋役。玄象失度，亢旱为患，岂政事未洽，将有板筑、渭滨之士邪！其搜扬隐滞，蠲除苛碎，详议法令，咸从损耍。”庾希自下邳退镇山阳，袁真自汝南退镇寿阳。
隆和元年春正月壬子，大赦，改年号。甲寅日，削减田税，每亩收税二升。当月，慕容暐的将领吕护、傅末波攻陷小垒，进逼洛阳。二月辛未，任命辅国将军、吴国内史庾希为北中郎将、徐兖二州刺史，镇守下邳；任命前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇汝南，都暂授苻节。丙子日，推尊生母亲周氏为皇太妃。三月甲寅初一，日食。夏四月，天旱。诏令释放罪轻的囚犯，赈求困乏之人。丁丑日，梁州地震，浩衅有山崩塌。吕护又侵犯洛阳。乙酉日，辅国将军、河南太守戴施逃到于宛。五月丁巳日，派北中郎将庾希、竟陵太守邓遐率领水军救援洛阳。秋七月，吕护等人退守小平津。进升琅邪王司马奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐进驻新城，庾希部将何谦和慕容暐将刘则在檀丘交战，打败了刘则。八月，西中郎将袁真进驻汝南，运送五万斛米以赠送给洛阳。冬十月，赏赐大米给贫穷的人，每人五斛。章武王司马珍去世。十二月戊午初一，日食。皇帝下诏说：“军旗出征驻守，未能减轻赋税和徭役。天象失度，大旱成灾。难道是政事还不和洽，还是有如传说、以及像渭水之滨的隐士吗！可访求推举隐士免除严峻繁琐的赋税，周祥地商议法令，全部遵循减损之要。”庾希从下邳退守山阳，袁真从汝南退守寿阳。

兴宁元年春二月己亥，大赦，改元。三月壬寅，皇太妃薨于琅邪第。癸卯，帝奔丧，诏司徒、会稽王昱总内外众务。夏四月，慕容寇荥阳，太守刘远奔鲁阳。甲戌，扬州地震，湖渎溢。五月，加征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。复以西中郎将袁真都督司、冀、并三州诸军事，北中郎将瘦希都督青州诸军事。癸卯，慕容陷密城，荥阳太守刘远奔于江陵。秋七月，张天锡弑凉州刺史、西平公张玄靓，自称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉，葬章皇太妃。八月，有星孛于角亢，入天市。九月壬戌，大司马桓温帅众北伐。癸亥，以皇子生，大赦。冬十月甲申，立陈留王世子恢为王。十一月，姚襄故将张骏杀江州督护赵毗，焚武昌，略府藏以叛，江州刺史桓冲讨斩之。是岁，慕容将慕容尘攻陈留太守袁披于长平。汝南太守硃斌承虚袭许昌，克之。
兴宁元年春二月己亥日，大赦天下，改年号。三月壬寅，皇太妃去世于琅邪府。癸卯日，皇帝奔丧，诏令司徒、会稽王昱总管内外众务。夏四月，慕容暐侵犯荥阳，太守刘远逃奔鲁阳。甲戌日，扬州地震，湖水河水泛溢。五月，加授征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。又任命西中郎将袁真都督司、冀、并三州诸军事，北中郎将瘦希都督青州诸军事。癸卯，慕容暐攻陷密城，荥阳太守刘远逃往江陵。秋七月，张天锡弑凉州刺史、西平公张玄靓，从称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉日，葬章皇太妃。八月，有彗星进入二宿星区，进入天市。九月壬戌日，大司马桓温率领军队北伐。癸亥日，因为皇子出生，大赦天下。冬十月甲申，立陈留王的世子曹恢为王。十一月，姚襄原来的将领张骏杀死江州督护赵毗，焚烧武昌城，抢劫了官府官府的仓库反叛，江州刺史桓冲讨讨伐并杀了张骏。这一年，慕容暐将领慕容尘在升平攻打陈留太守袁披。汝南太守朱斌乘虚袭击许昌成功。

二年春二月庚寅，江陵地震。慕容将慕容评袭许昌，颍川太守李福死之。评遂侵汝南，太守硃斌遁于寿阳。又进围陈郡，太守硃辅婴城固守。桓温遣江夏相刘岵击退之。改左军将军为游击将军，罢右军、前军、后军将军五校三将官。癸卯，帝亲耕藉田。三月庚戌朔，大阅户人，严法禁，称为庚戌制。辛未，帝不豫。帝雅好黄老，断谷，饵长生药，服食过多，遂中毒，不识万机，崇德太后复临朝摄政。夏四月甲申，慕容遣其将李洪侵许昌，王师败绩于悬瓠，硃斌奔于淮南，硃辅退保彭城。桓温遣西中郎将袁真、江夏相刘岵等凿阳仪道以通运，温帅舟师次于合肥，慕容尘复屯许昌。五月，迁陈人于陆以避之。戊辰，以扬州刺史王述为尚书令、卫将军。以桓温为扬州牧、录尚书事。壬申，遣使喻温入相，温不从。秋七月丁卯，复征温入朝。八月，温至赭圻，遂城而居之。苻坚别帅侵河南，慕容寇洛阳。九月，冠军将军陈祐留长史沈劲守洛阳，帅众奔新城。
二年春二月庚寅，江陵地震。慕容暐的将领慕容评袭击许昌，颍川太守李福战死。幕容评入侵汝南，太守朱斌逃往寿阳。幕容评又进兵围攻陈郡，太守朱辅环城固守。桓温派江夏相刘岵击退幕容评。改左军将军为游击将军，罢除右军、前军、后军将军五校三将官。癸卯日，皇帝亲自下田劳动以发展农业。三月庚戌初一，大规模地核查户口人数，严历法令，称为庚戌制。辛未日，皇帝病重。皇帝平素喜欢长生不老之术，不吃五谷，专吃长生药，服食过多，于是中了毒，不能治理国政，崇德太后再次上朝摄政。夏四月甲申，慕容暐派他的将领李洪入侵许昌，官军大败于悬瓠，朱斌逃往淮南，朱辅退保彭城。桓温派西中郎将袁真、江夏相刘岵等凿阳仪道用以运输，温率领水军驻在合肥，慕容尘再次驻许昌。五月，把陈郡人迁到陆以躲避幕容氏。戊辰日，任命扬州刺史王述为尚书令、卫将军。任命桓温为扬州牧、录尚书事。壬申日，朝廷派人宣召桓温入朝当宰相，桓温不同意。秋七月丁卯，再次下圣旨招桓温入朝。八月，桓温到了赭圻，就筑城居住在那里。苻坚部队入侵河南，慕容暐侵犯洛阳。九月，冠军将军陈祐留下长史沈劲守卫洛阳，自已带部队逃往新城。

三年春正月庚申，皇后王氏崩。二月乙未，以右将军桓豁监荆州扬州之义城雍州之京兆诸军事、领南蛮校尉、荆州刺史；桓冲监江州荆州之江夏随郡豫州之汝南西阳新蔡颍川六郡诸军事、南中郎将、江州刺史，领南蛮校尉，并假节。
三年春正月庚申，皇后王氏去世。二月乙未，任命右将军桓豁监荆州扬州的义城和雍州的京兆诸军事、领南蛮校尉、荆州刺史；桓冲监江州荆州之江夏随郡豫州和汝南西阳新蔡颍川六郡诸军事、南中郎将、江州刺史，领南蛮校尉，都授节。丙申日，皇帝在西堂去世，当时二十五岁。葬在安平陵。 废皇帝名司马奕，字延龄，是哀帝的同母兄弟。咸康八年封为东海王。永和八年授散骑常侍，不久加授镇军将军；升平四年授车骑将军。五年，改封琅邪王。隆和初年，转任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。

丙申，帝崩于西堂，时年二十五。葬安平陵。
兴宁三年二月丙申，哀帝去世，没有儿子。丁酉日，皇太后下诏说：“皇帝竟然患病不治，祸难频繁降临，哀家的心情很难受。琅邪王司马奕，德性完美，是德才兼备的亲属，应当继承皇位，宜敬奉祖宗，继承皇统。请迅速准备好即位，以让人神安宁。”于是百官到琅邪府去迎奉琅邪王。当天即皇帝位，大赦天下。三月壬申，把哀皇帝安葬在安平陵。癸酉日，散骑常侍、河间司马王钦去世。丙子日，慕容暐的将慕容恪攻陷洛阳，宁朔将军竺瑶逃往襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲战死。夏六月戊子，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚去世。秋七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷率领军队二万入侵苻坚的杏城。己酉日，改封会稽王司马昱为琅邪王。壬子日，立皇后庾氏。封琅邪王司马昱的儿子司马昌明为会稽王。冬十月，梁州刺史司马勋反叛，自称成都王。十一月，司马勋率领军队进入剑阁，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐弃城逃跑。乙卯日，司马勋在成都围攻益州刺史周楚，桓温派江夏相朱序救援周楚。十二月戊戌，任命会稽内史王彪之为尚书仆射。

废帝讳奕，字延龄，哀帝之母弟也。咸康八年封为东海王。永和八年拜散骑常侍，寻加镇军将军；升平四年拜车骑将军。五年，改封琅邪王。隆和初，转侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。兴宁三年二月丙申，哀帝崩，无嗣。丁酉，皇太后诏曰：“帝遂不救厥疾，艰祸仍臻，遗绪泯然，哀恸切心。琅邪王奕，明德茂亲，属当储嗣，宜奉祖宗，纂承大统。便速正大礼，以宁人神。”于是百官奉迎于琅邪第。是日，即皇帝位，大赦。三月壬申，葬哀皇帝于安平陵。癸酉，散骑常侍、河间王钦薨。丙子，慕容将慕容恪陷洛阳，宁朔将军竺瑶奔于襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲死之。夏六月戊子，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚卒。秋七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷帅众二万侵苻坚杏城。己酉，改封会稽王昱为琅邪王。壬子，立皇后庾氏。封琅邪王昱子昌明为会稽王。冬十月，梁州刺史司马勋反，自称成都王。十一月，帅众人剑阁，攻涪，西夷校尉毌丘弃城而遁。乙卯，围益州刺史周楚于成都，桓温遣江夏相硃序救之。十二月戊戌，以会稽内史王彪之为尚书仆射。
太和元年春二月己丑，任命凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申日，任命宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨伐诸军事。三月辛亥，新蔡王司马邈去世。荆州刺史桓豁派督护桓罴攻南郑，魏兴人毕钦率领军队策应桓豁。夏四月，干旱。五月戊寅，皇后庾氏去世。朱序在成都攻打司马勋，司马勋的军队溃败，朱序俘获了司马勋并杀了他。秋七月癸酉，把孝皇后安葬在敬平陵。九月甲午，特赦梁、益二州。冬十月辛丑，苻坚的将领王猛、杨安攻打南乡，荆州刺史桓豁救去救援，军队驻在新野，王猛、杨安退却。任命会稽王司马昱为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆等战据宛城谋反，太守桓澹逃到新野固守。慕容暐的将领慕容厉攻陷鲁郡、高平。

太和元年春二月己丑，以凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申，以宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨诸军事。三月辛亥，新蔡王邈薨。荆州刺史桓豁遣督护桓罴攻南郑，魏兴人毕钦举兵以应罴。夏四月，旱。五月戊寅，皇后庾氏崩。硃序攻司马勋于成都，众溃，执勋，斩之。秋七月癸酉，葬孝皇后于敬平陵。九月甲午，曲赦梁、益二州。冬十月辛丑，苻坚将王猛、杨安攻南乡，荆州刺史桓豁救之，师次新野而猛、安退。以会稽王昱为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆等据宛城反，太守桓澹走保新野。慕容将慕容厉陷鲁郡、高平。
二年春正月，北中郎将庾希犯了罪，逃到海上。夏四月，慕容暐的将领慕容尘侵犯竟陵，太守罗崇打败了他们。苻坚的将领王猛侵犯寇凉州，张天锡打击他们，王猛的军队被打得大败。五月，右将军桓豁攻打赵忆，赵忆逃跑，恒豁进攻，俘获了慕容暐的将领赵槃，押送到京师。秋九月，任命会稽内史郗愔为都督徐兖青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王司马玄去世。

二年春正月，北中郎将庾希有罪，走入于海。夏四月，慕容将慕容尘寇竟陵，太守罗崇击破之。苻坚将王猛寇凉州，张天锡距之，猛师败绩。五月，右将军桓豁击赵忆，走之，进获慕容将赵槃，送于京师。秋九月，以会稽内史郗愔为都督徐兗青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王玄薨。
三年春三月丁巳初一，日食。癸亥日，大赦。夏四月癸巳，下冰雹，还有龙卷风。秋八月壬寅，尚书令、卫将军、蓝田侯王述去世。

三年春三月丁巳朔，日有蚀之。癸亥，大赦。夏四月癸巳，雨雹，大风折木。秋八月壬寅，尚书令、卫将军、蓝田侯王述卒。
四年夏四月庚戌，大司马桓温率领军队攻打慕容暐。秋七月辛卯，幕容暐的将领慕容垂率领军队抵抗距温，桓温击败了他们。九月戊寅，桓温裨将邓遐、朱序在林渚遭遇慕容暐的将领傅末波，又大败他们。戊子日，桓温到达枋头。丙申日，因为粮草运输接不上，焚烧了舟船后返回。辛丑日，慕容垂在襄邑追上并击败了桓温的后军。冬十月，有彗星向西飞落，有雷鸣般的声音。己巳日，桓温招招集散兵，屯兵在山阳。豫州刺史袁真率寿阳反叛。十一月辛丑日，桓温从山阳到涂中和会稽王司马昱会晤，准备谋划日后的行动。十二月，在广陵建城居住。

四年夏四月庚戌，大司马桓温帅众伐慕容。秋七月辛卯，将慕容垂帅众距温，温击败之。九月戊寅，桓温裨将邓遐、硃序遇将傅末波于林渚，又大破之。戊子，温至枋头。丙申，以粮运不继，焚舟而归。辛丑，慕容垂追败温后军于襄邑。冬十月，大星西流，有声如雷。己巳，温收散卒，屯于山阳。豫州刺史袁真以寿阳叛。十一月辛丑，桓温自山阳及会稽王昱会于涂中，将谋后举。十二月，遂城广陵而居之。
五年春正月己亥，袁真的儿子袁双之、袁爱之害死梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉，袁袁真死，陈郡太守朱辅立袁真的儿子袁瑾继嗣，向慕容暐求救。夏四月辛未，桓温部将竺瑶在武丘打败袁瑾。秋七月癸酉初一，日食。八月癸丑，桓温在寿阳击败袁瑾。九月，苻坚的将领王猛攻打慕容暐，攻陷上党。广汉妖贼李弘和益州妖贼李金根聚集人马造**，李弘自称为圣王，有一万多人，梓潼太守周虓讨伐平定了他们。冬十月，王猛大破在潞川大败慕容暐的将领慕容评于潞川。十一月，王猛攻克邺，俘获了慕容暐，全部占有了他的领地。

五年春正月己亥，袁真子双之、爱之害梁国内史硃宪、汝南内史硃斌。二月癸酉，袁真死，陈郡太守硃辅立真子瑾嗣事，求救于慕容。夏四月辛未，桓温部将竺瑶破瑾于武丘。秋七月癸酉朔，日有蚀之。八月癸丑，桓温击袁瑾于寿阳，败之。九月，苻坚将猛伐慕容，陷其上党。广汉妖贼李弘与益州妖贼李金根聚众反，弘自称圣王，众万余人，梓潼太守周虓讨平之。冬十月，王猛大破慕容将慕容评于潞川。十一月，猛克鄴，获慕容，尽有其地。
六年春正月，苻坚派将领王鉴救援袁瑾，将军桓伊迎击，大败王鉴。丁亥日，桓温攻克寿阳，斩袁瑾。三月壬辰，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。夏四月戊午，大赦，赐贫苦和老年无子的人粮食，每人五斛。苻坚的将领苻雅攻打仇池，仇池公杨纂投降。六月，京都和丹阳、晋陵、吴郡、吴兴、临海都大水。秋八月，任命前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬十月壬子，高密王司马俊去世。十一月癸卯，桓温从广陵到白石屯驻。丁未日，谋划废黜当今皇帝，另立新皇帝，并放出传闻说皇帝在封国时早就有阳痿的疾病，他宠爱的人相龙、计好、朱灵宝等参于内室之事，使得他的两位美人田氏、孟氏生三病人个儿子，想受到分封立位，当时人们都很疑惑，桓温于是用伊尹、霍光的事迹委婉地劝说太后。己酉日，在朝堂里聚集百官，宣示崇德太后的令说：“王室艰难，穆帝、哀帝福运短暂，没来得及养育后代，无法立太子。琅邪王司马奕按亲属来说是皇帝的同母弟弟，所以让他入继皇位。没有想到他不建立德行，竟然到了这种地步，昏昧悖乱，违犯礼法。生了这三个孽障，不知道是谁的儿子。人伦之道丧失，丑恶的名声远扬。司马奕既不能谨守社稷，敬承祖宗，又极为昏乱悖孽，却想立太子封藩王。欺骗祖宗，动摇皇室基业，是可忍，孰不可忍！现在废黜司马奕为东海王，以东海王的身份返回宅第，供奉守卫的标准，都和汉朝昌邑王一样。这是我的不幸，遭逢了这么多的忧患，想起生者和死者，心如刀割。社稷大计，大义没有得以伸张。对着纸悲伤欲绝，怎么还能说话。”于是百官进入太极前殿，即日桓温让散骑侍郎刘享收回皇帝的玺绶。皇帝穿着白帢帽和单衣，走下西堂，乘坐牛车驶出神兽门。群臣恭敬地告别，无不觑欷叹息。侍御史、殿中监率领一百名士兵护送到东海府第。

六年春正月，苻坚遣将王鉴来援袁瑾，将军桓伊逆击，大破之。丁亥，桓温克寿阳，斩袁瑾。三月壬辰，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚卒。夏四月戊午，大赦，赐穷独米，人五斛。苻坚将苻雅伐仇池，仇池公杨纂降之。六月，京都及丹阳、晋陵、吴郡、吴兴、临海并大水。秋八月，以前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬十月壬子，高密王俊薨。十一月癸卯，桓温自广陵屯于白石。丁未，诣阙，因图废立，诬帝在籓夙有痿疾，嬖人相龙、计好、硃灵宝等参侍内寝，而二美人田氏、孟氏生三男，长欲封树，时人惑之，温因讽太后以伊霍之举。己酉，集百官于朝堂，宣崇德太后令曰：“王室艰难，穆、哀短祚，国嗣不育储宫靡立。琅邪王奕亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀！今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割。社稷大计，义不获已。临纸悲塞，如何可言。”于是百官入太极前殿，即日桓温使散骑侍郎刘享收帝玺绶。帝著白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神兽门。群臣拜辞，莫不觑欷。侍御史、殿中监将兵百人卫送东海第。
当初，桓温有夺取帝位的野心，打算先在河朔立功，以得到世人的瞩目和声望。到了枋头失败后，威名顿时受损，就秘密地策划废除皇帝立新帝，以此来增加威势权力。但是又害怕皇帝恪守正道，担心这么做会招来议论。因为宫阐深闺之中的事情隐秘，床笫间的事情容易诬灭，就放出话说皇帝是没有性能力的人。于是进行了废黜。最初，皇帝也经常担心桓温，曾经召来术士扈谦下筮，卦象出来以后，扈谦说：“晋皇室像磐石一样稳固，陛下有离开宫廷的微象。”结果竟然和扈谦说的一样。

初，桓温有不臣之心，欲先立功河朔，以收时望。及枋头之败，威名顿挫，逐潜谋废立，以长威权。然惮帝守道，恐招时议。以宫阐重闷，床笫易诬，乃言帝为阉，遂行废辱。初，帝平生每以为虑，尝召术人扈谦筮之，卦成，答曰：“晋室有盘石之固，陛下有出宫之象。”竟如其言。
咸安二年正月，降封皇帝为海西县公。四月，徙居吴县，敕命吴国内史刁彝防卫，又派御史顾允监督。十一月，妖贼卢悚派弟子殿中监许龙大清早到海西县公大门前，称说有太后密诏，奉迎海西县公回去恢复皇位。皇帝开始想听从许龙，听取了集中统一的规谏后作罢。许龙说曰：“大事就要成功了，怎么还听女人的话呢？”皇帝说：“我犯了这样的罪，幸而承蒙宽宥，怎么敢轻举妄动呢！而且太后如果有诏令，就应该派自己的心腹来，为什么偏偏是你呢？你一定是作乱。”就呼喝侍从们绑了他，许龙惊慌逃走。皇帝知道皇位不能再得，很担心遭来横祸，就对世事不闻不门，无忧无虑，终日饮酒作乐，沉溺于内宠之中，不抚育自己的儿子，希望能保住自身。当时的人们哀怜他，给他唱赞歌。朝廷因为皇帝安于屈辱不再担忧他东山再起。太元十一年十月甲申，皇帝在吴国去世，当时四十五岁。

咸安二年正月，降封帝为海西县公。四月，徙居吴县，敕吴国内史刁彝防卫，又遣御史顾允监察之。十一月，妖贼卢悚遣弟子殿中监许龙晨到其门，称太后密诏，奉迎兴复。帝初欲从之，纳保母谏而止。龙曰：“大事将捷，焉用兒女子言乎？”帝曰：“我得罪于此，幸蒙宽宥，岂敢妄动哉！且太后有诏，便应官属来，何独使汝也？汝必为乱。”因叱左右缚之，龙惧而走。帝知天命不可再，深虑横祸，乃杜塞聪明，无思无虑，终日酣暢，耽于内宠，有子不育，庶保天年。时人怜之，为作歌焉。朝廷以帝安于屈辱，不复为虞。太元十一年十月甲申，薨于吴，时年四十五。
史臣曰：孝宗年幼，由母亲摄政，中外无事，安定了十多年。用武安君那样的雄才，在疆场开拓；用周文王那样的风化，施行到了江汉，那么这就是孔子所说的没有非议了。哀皇帝宽厚仁惠，可以做国君，但是祭祀祈福于上天，德行蒙受污损。海西公拒绝许龙让他恢复皇位，屈身于放逐之臣，正所谓是柔弱胜刚强，能够享尽天年的人。

史臣曰：孝宗因繦抱之姿，用母氏之化，中外无事，十有余年。以武安之才，启之疆埸；以文王之风，被乎江汉，则孔子所谓吾无间然矣。哀皇宽惠，可以为君，而鸿祀禳天，用尘其德。东海违许龙之驾，屈放命之臣，所谓柔弱胜刚强，得尽于天年者也。
赞曰：帝位虚设，母后当政，大孝为根本。遵循母亲教诲，成就诚信恭谦。可作西边玉垒的榜样，可作北边金墉的旗帜。迁徒的殷人追日的僰人，没有不来归顺的。哀后宽厚仁惠，神灵自来会集。海西公多难，灾祸降临头上。他不是辅臣，我也不是昌邑。

赞曰：委裘称化，大孝为宗，遵彼圣善，成兹允恭。西旌玉垒，北旆金墉。迁殷旧僰，莫不来从。哀后宽仁，惟灵既集。海西多故，时灾见及。彼异阿衡，我非昌邑。